BWA workflow
2016-02-15 10:49:32 1 举报
BWA(Burrows-Wheeler Aligner)是一种用于比对序列数据的高效工具,常用于基因组学和生物信息学领域。其工作流程包括以下几个步骤:1. 输入测序数据和参考基因组;2. 使用Burrows-Wheeler变换将测序数据转换为易于比较的格式;3. 应用后缀数组算法进行局部比对,找到最佳匹配位置;4. 通过比对结果生成SAM/BAM文件,用于后续分析。BWA具有快速、准确和可扩展性等优点,是处理大规模基因组数据的首选工具之一。
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大纲/内容
起点从0-read的长度
n threadsparallel
step3:mem_flt_chained_seeds
1.过滤合适结果,无合适时输出一个。2.结果格式转换
step1:mem_chain
bwt_smem1a
Step2:mem_process_seqs
见paper
severalinit proc
step1:mem_reg2aln
End
Y
N
worker2
more reads?
本线程read处理完时,会处理其他线程的read
mem_chain
ktp_worker
.....
worker1
step2:mem_chain_flt
step1:mem_aln2sam
Sort result by:ks_introsort
more alignments?
Step3:free resource
mem_collect_intv
step5:mem_sort_dedup_patch
_mutex
step4:mem_chain2aln
每次仅处理一条read信息
ktp_woker
Start
Finishall?
Step1:bseq_read
mem_align1_core
1. From each beginning find SMEM by:bwt_smem1
3. From each beginning find LAST-like by:bwt_seed_strategy1
Pipelineswitch
smem_aus_init
mem_reg2sam
mutex
kt_pipeline
Process
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