白板
2016-03-01 10:08:24 21 举报
白板,是教育与商业领域里常见的工具。它平整、无色,表面涂覆有特殊材质,可使用特定的笔在上面书写、绘画,甚至擦除。白板的出现极大地方便了信息的交流与记录,成为现代会议、教学的重要辅助工具。 在教室中,白板承载着知识的传递与探索。教师在白板上勾画重点,解析复杂概念,学生们紧跟其上,共同构建知识的桥梁。而在商务场合,白板则成为了团队沟通的纽带。从项目规划到创意碰撞,白板上的一笔一划都见证了团队的智慧与努力。 白板,简单而实用,它是知识的舞台,也是创意的温床。在这个充满无限可能的世界里,白板见证着我们的成长与进步。
作者其他创作
大纲/内容
聚类
MAQ:较早期,较多引用BWA:准确率高。适用于SNP、Indels、methylation分析Bowtie:速度快,下游结合cufflinks等结果验证率很高
map及处理
核密度曲线非参数估计
Gene Ontologyannotation
线性
ZINBA--无膨胀的负二项算法【mixed】【Genome biology2011】DIME--mixed【Bioinformatics2011】
mapped reads
ChIPDiff--broad【bioinformatics 2008】Hpeak--【BMC bioinformatics2010】BayesPeak--【Bioinformatics2009】histoneHMM--broad【BMC Bioinformatics2015】
预处理
非线性
原始数据、多样本
隐马尔科夫链模型
CISGenomeMEME--通用AlignACE--吉普斯取样RSAT peak-motif --在线工具WeedER--只报告最强的motif
SICER--broad【bioinformatics 2014】CCATRSEG
pathway
DAVID--【BMC】TargetMine--【Bioinformatics】
motif
滑动窗口
NCIS(BMC 2012)CCATCISChrome
去除差reads
数据标准化
序列比对
MACS 局部泊松模型【Genome Biology 2008】SISSRs【Methods Mol Bio 2012l】
延长标签
唯一reads
重复区?
peak calling
ChIPpeakAnno--主流【BMC】GREATDAVID
Reference
质量控制QC
去除总体质量偏低的reads;去除3’端质量Q值低于20的碱基;去除reads中所含有的接头序列;去除长度小于20的测序片段(reads)。
其他分析
peak
高斯密度曲线 QuEST均匀?三角?伽马?
XEST超过设定值视为峰区域
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