S498-黑色素瘤技术路线图
2018-01-05 11:19:14 2 举报
生信+实验技术路线图
作者其他创作
大纲/内容
检测炎症细胞，炎症因子及氧化应激情况，并与其余两组转基因小鼠对比
检测基因敲除的AKI小鼠中炎症细胞，炎症因子及氧化应激情况，并与正常小鼠及非敲除AKI小鼠对比
差异基因及已知基因进行合并整理，利用R语言等方式进行功能分析
对候选基因及miRNA进行细胞生物学功能验证
构建候选基因敲除模型小鼠，并诱导AKI发生
检测急性肾损伤中核心基因的表达情况，验证miRNA与候选基因靶向调控关系
通过STRING等工具，是对分析获得的差异基因与已知基因进行关联分析
对候选基因下游调控信号通路进行确认
在其余数个数据集中分析候选基因的表达情况
利用Digsee等网站，搜索已知的急性肾损伤相关基因
GO及KEGG富集分析，对基因功能及代谢通路进行预测，获得与AKI有紧密联系的基因
检测肾小管细胞坏死情况，并且与其余两组转基因小鼠进行对比
检测miRNA敲除的AKI小鼠中肾小管细胞坏死情况，并与正常小鼠及非敲除AKI小鼠对比
结论
构建候选miRNA及候选基因双高表达小鼠，并诱导AKI发生
数据分析，发现急性肾损伤中差异表达的基因
miRNA与候选基因靶向调控关系验证
利用TargetScan，KEGG等数据库，对核心基因的上下游调控机制进行预测，确认候选miRNA
构建敲除下游信号通路或抑制下游信号通路的模型小鼠，检测AKI情况
检测基因敲除的AKI小鼠中肾小管细胞坏死情况，并与正常小鼠及非敲除AKI小鼠对比
确认miRNA对候选基因的调控，以及miRNA和候选基因对AKI的影响
构建候选miRNA敲除小鼠，并诱导AKI发生
在候选基因敲除小鼠中检测下游信号通路基因的表达情况
数据收集（急性肾损伤样本测序或公共数据库检索）
通过关联分析，获得在AKI中可能发挥关键功能的核心基因，确认候选基因
生物信息挖掘相关基因
细胞生物学实验功能验证
RT-PCR检测AKI模型中候选基因及miRNA的表达情况
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