LIHC预后标志基因及免疫特征分析
2019-05-09 11:22:50 0 举报LIHC预后标志基因预测流程图
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大纲/内容
下调基因
GEO中肝细胞癌表达芯片数据下载（GSE45267，GSE49515，GSE89377）
对5个基因进行多因素cox分析
差异分析获得214个差异基因
两组肝细胞癌样本生存分析及ROC分析，确认这5个基因具有作为LIHC预后生存标记基因的潜力
TCGA及GEO中上调基因与cox结果取交集
过滤p值大于0.05的样本
保留degree>10的基因用于后续分析
18genes
正常样本和肿瘤样本中免疫细胞成分差异分析
p<0.05的基因共396个
交集中的基因进行PPI分析
5个基因与肝细胞癌单独生存分析
TCGA-LIHC基因表达数据下载（normal：50，tumor：374）
根据5个基因表达值，将肿瘤样本划分为高风险组和低风险组
下载的基因表达数据进行校正
M0巨噬细胞与生存显著相关ROC分析发现AUC>0.6
表达数据差异分析（854DEGS）
三个芯片表达数据整合，批次矫正
上调基因
3中免疫细胞在肿瘤样本中表现出显著差异，对3种免疫细胞进行生存分析
TCGA及GEO中下调基因与cox结果取交集
过滤后样本内免疫细胞组成成分分析，及免疫细胞相关性分析
5genes
分析获得的5个基因在TCGA其余肿瘤中的表达水平分析
CIBERSORT算法计算每个样本中免疫细胞组成
70genes
差异与生存关系单因素cox分析
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