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2021-02-20 18:29:50 0 举报
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作者其他创作
大纲/内容
N
Npt in 5ns at T(tmp)
· · · · · ·
91K
97K
Extra Hami Calc
Annealing NPT to T(ref) in 3ns and relaxing in 3ns
Y
计算结束,给出最终报告
Nobond Ev Scan
400K RMSD > 0.08
实验结构是否为相对稳定结构
X1 InitNpt
Gromacs NPT Process
采用90K升温至400K方式进行tempScan,保证低温段采样到初始晶型
RelaxNpt
Min
VolScan
Generate Gromacs Files
SubmitFreeEnergyAutoJob
300K
200K
Results Check
Xn InitNpt
RMSD > 0.3
不同参比之间是否发生结构转变
ff_keysstruct_keysstruct_namesmol_key
TempScan
结果检查
· · ·
InitMin
Nta Rstr Scan
X2 InitNpt
93K
补充100K参比PSCP计算
力场相关性较好
Traj Analysis
Npt in 5ns at T(ref)
400K Structure
Aa Rstr Scan
ReplicaExchange
是否在退火过程或REMD过程中结构采样出现问题
判断“转晶”:通过mercury或first order对结构变化进行分析
PSCP Calculation Process
REMD过程是否达到平衡
200K RMSD > 0.2
skip replica
X3 InitNpt
自由能随温度变化曲线出现转折
Nobond Dihe Scan
PSCP
400K
300K RMSD > 0.16
400K
重新拟合力场,重新计算自由能
Ta Rstr Scan
Bond Bai Scan
Job FAILED
T(tmp)
Anneal
不同参比是否收敛
dGvv
300K Structure
Extend REMD
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