20200711 CRISPR体内全基因组筛选确定RBP Staufen2为髓系白血病的关键调控因子
2020-08-04 14:08:12 0 举报
CRISPR体内全基因组筛选确定RBP Staufen2为髓系白血病的关键调控因子
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大纲/内容
9个已报道与癌症有关
~2400个基因（~7000个转录本）与STAU2结合，3'UTR端
PostSel
Stau2敲除的小鼠bcCML细胞
基因表达分析
STAU2基因敲除导致人原发bcCML和AML在NSG小鼠体内的植入减少
KDM1A抑制剂Ory-1001
RNA结合网络
RNA结合蛋白（RBPs）相关基因
Stau2富含未成熟的干/祖细胞，与其在维持神经干细胞中的作用一致
体内筛选
10个候选基因在癌症中功能未知
~3500个基因在STAU2敲除细胞中下调
白血病干细胞（LSCs）
695个基因与mRNA直接结合
Stau2缺失损害人原发白血病的生长
Stau2与3'UTR端的结合是下游基因表达所必需的
RNA-seq
染色质结合相关基因
PreSel
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体外筛选
分离
STAU2基因敲除几乎不影响人类造血干细胞和祖细胞的功能影响
An in vivo genome-wide CRISPR screen identifies the RNA-binding protein Staufen2 as a key regulator of myeloid leukemia
与蛋白质定位、代谢过程调节和染色质组织相关途径的基因显著富集
肝再生因子GFER
Stau2通过KDM1A调控bcCML的进展
STAU2基因敲除的人原发bcCML患者样本集落形成能力降低
有其他功能但未涉及bcCML的候选基因
Stau2基因
3500个基因对应的gRNA丢失
6个候选基因在人类LSCs中富集
Stau2在bcCML中调控强大的致癌信号
eCLIP
CRISPR Screen
抑制这些信号使K562细胞的集落形成能力降低
血管生成调节因子血管相关迁移蛋白
体内全基因组CRISPR筛选
STAU2缺失导致H3K4单甲基、双甲基、三甲基的积累
分化LIN+细胞增加
InvivoSel
荧光素酶活性实验
~3500个基因对应的gRNA丢失（＞3倍）
STAU2基因敲除bcCML细胞系K562的集落形成能力下降
染色质结合基因是Stau2功能的下游效应因子
与Stau2直接结合的新的染色质结合基因：KDMA1、MAZ、NOC2L、NUD2L、UBTF和TFAM
LSCs增殖减少（Ki67+）
小核仁RNA结合相关基因
一般作用：转录、翻译、剪接体组装、RNA翻转或转运
免疫荧光
19个候选基因
GO分析
不明显影响正常造血功能
STAU2缺失导致H3K4me2和H3K4me3标记在启动子区域发生了广泛变化
STAU2缺失导致KDM1A及KDM家族表达减少，包括其他H3K4去甲基酶
STAU2在AML干细胞中表达高于正常人HSCs，且随人AML进展而上升
CHIP-seq
γ-氨基丁酸b型受体1
GO 富集分析
全基因组体内CRISPR筛选确定RBDs在bcCML进展中的作用
bcCML小鼠的存活率增加
Cas9-eGFP bcCML小鼠模型
极个别gRNA丢失
Stau2缺失抑制小鼠bcCML的发生发展
Stau2敲除的bcCML小鼠
三向重叠
核糖体RNA结合相关基因
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