degscore流程图
2022-04-24 12:03:01 2 举报
degscore流程图
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大纲/内容
计算方式：encoding*coefficients+ intercept (length*250) * (250*1) = (length*1)
计算每个位置的核苷酸的degscore
Linearold调用etenaFold包预测MFEStructure点、括号形式
全序列
上面每个位置的核苷酸degscore相加得到的总和
根据配对位置推算出每个核苷酸处于什么结构上，包括HEIMBS
degscore总值
AUGC/HEIMBS从这十个维度来标记每一个核苷酸，在该维度成立的值标为1，不成立则标为0。得到一个length行10列的数组
Degcore中encoding的计算体现了序列的特征：核苷酸类型、结构类型、相对位置、配对情况encoding直接由序列的核苷酸类型和结构类型以及各个核苷酸处于序列中的相对位置计算得到；结构类型又是根据Linearfold首先计算，然后得到结构后根据配对情况得到。
根据括号位置得到配对位置
H：发夹，E：外部，S：茎，I：内部，B：凸出，M：多环
例如，i位置是A且属于结构H，则i为[1，0，0，0，1，0，0，0，0，0]
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