cfDNA-总
2022-12-09 15:49:08 10 举报技术路线
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大纲/内容
敏感细胞
明确XX通过抑制YY的泛素化降解激活ZZ通路促进某疾病耐药的作用和机制
对照
添加mRNA转录抑制剂后检测XX mRNA半衰期，检测XX mRNA的甲基化修饰水平
敏感
有差异
无差异
敲低AA
小鼠模型
耐药细胞
敲低XX
qPCR和WB检测AA、XX、YY的表达水平
qPCR、WB、IHC检测肿瘤组织中AA、XX、YY的表达水平
cfDNA浓度
qPCR、WB、IHC检测XX、YY的表达水平
检测肿瘤体积、重量、大小、肿瘤病理和转移灶数量
WB检测ZZ通路相关蛋白的表达水平和磷酸化水平
qPCR、WB检测XX、YY表达水平
长片段 top 5 motif 差异最显著
检测细胞增殖能力（CCK8）、凋亡（流式）、迁移(划痕实验）、侵袭（Transwell)及对某药物的敏感性
所有片段每100kb区域MDS
过表达AA
检测YY蛋白的泛素化修饰水平
点突变技术验证AA和XX的结合位点
短片段（≤150bp)
Top 5motif
cfDNA基因学特征
qPCR、WB、IHC检测肿瘤组织XX、YY的表达水平
双荧光素酶报告实验验证AA识别的XX mRNA 甲基化修饰位点
矫正WBC、RBC、ALT、AST、eGFR
挽救实验：① 过表达XX后Verteporfin处理 ②敲低XX后过表达YY ③敲低XX后MG132处理
检测增殖（CCK8）、凋亡（流式）、迁移(划痕实验）、侵袭（Transwell)情况及对某药物的敏感性
GST-pulldown、CO-IP证实XX和YY的结合
患者样本
所有片段 、短片段 、峰值片段 、长片段MDS无差异
过表达XX
耐药
logRank分析XX和YY表达水平与患者耐药情况的关系
MeRIP-seq确定XX mRNA的甲基化位点
cfDNA甲基化特征
预测XX mRNA的甲基化位点；分子对接鉴定AA和XX mRNA的结合能力
验证AA经由XX/YY/ZZ促进某疾病耐药的功能作用
5个100kb 区域MDS差异最显著
峰值片段（160-170bp)
motif diversity score(MDS)
cfDNA片段组学特征
qPCR、WB、IHC检测AA的表达水平
长片段（≥250bp)
RNA pulldown、RIP实验证实AA与XX的mRNA结合
cfDNA浓度无差异
揭示AA通过识别XX mRNA中的甲基化修饰位点而增强其稳定性的分子机制
片段大小
末端motif
logRank分析AA表达水平与患者耐药情况的相关性
所有片段 top 5 motif短片段 top 5 motif峰值片段 top 5 motif长片段 top 5 motif
挽救实验：①过表达AA后敲低XX，敲低AA后过表达XX ②过表达AA后敲低YY，敲低AA后过表达YY ③过表达AA后Verteporfin处理 ④敲低AA后MG132处理
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