基因育种
2023-05-30 16:34:15 0 举报
育种信息
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大纲/内容
纯种选配计算
MAP文件：（只能开启一个）MAP是芯片信息的索引，比如上传到系统的基因芯片有50000位点、50100位点、80000位点的，系统会根据MAP里的索引来整理这些位点数不同的芯片数据，比如MAP里有50008个位点，所有芯片都会整理为这50008个位点
选择出生日期、群体及配置文件，目的是筛选出在该出生范围、群体内的猪只，作为样本，进行该性状文件下标记效应的计算
选择公猪和母猪
近交系数阈值
选择选种模型
性状配置文件
完成计算（育种值）
输入名称
基因型数据
MAP文件
计算完成
模型计算完成
留种率阈值设定
计算结果
该值为所选公猪的综合育种值
所选出生日期和群体中的所有公母猪做配种
猪只档案、后裔信息及生产单据的数据，数据来源于猪企网，用于参数计算的指标
近交系数的计算，不涉及到其他配置文件，是通过计算该只猪的父母，来计算得出的近交系数
选择母猪
该值为做近交系数计算时，得出的值，在这里叫后代近交系数
近交系数
有芯片数据，用户可以获得基因组育种值；如果没有芯片数据，用户会获得传统育种值基因组育种值相比传统育种值会对个体育种价值评估更准确
3、公猪模型和母猪模型的区分，模型的选择推荐4、指数分开，父系指数和母系指数可以分开5、应用的需求需要根据用户需求不断优化
选择猪只：选择猪只需要保证，所选的母猪都是同一个品系的，所选的公猪都是同一个品系，公猪和母猪可以是不同的品系所选公猪和母猪可能是不同的场
综合选配系数计算
选择群体
纯种选配是为了看他产生的后代近交系数怎么样，公猪育种值怎么样，从而决定他俩要不要做配种该计算属于数据的查询汇总，展示所选公母猪的近交系数和育种值若未完成近交系数和公猪育种值的计算，表示span style=\
若该群体有多个场，那么可以选择不同场的猪
选种模型配置（遗传参数估计）
注：所有的计算任务，可以设定计算的周期，自动执行计算任务，减少人员操作
选择出生日期、群体及配置文件，目的是筛选出在该出生范围、群体内的猪只，作为样本，进行该性状文件下遗传参数估计的计算
可以半年、一年更新一次
选配模型配置（标记效应计算）
选择出生日期、群体
1、自动触发更新，规定好群体和遗传参数，数据的计算和上传统一（计算的接口也有提供）2、遗传参数估计的波动情况（不急）
输入计算单名称
针对长大二元母猪选最合适的杜洛克公猪
注：新增增加了选择代次参数，即在所选的出生日期的所有个体。基础上将这部分个体全部往上导出m代
选择计算猪只
基因型数据：基因测序公司会根据场内猪只ID返回基因芯片文件给农场，农场在做育种计算的时候，需要前期导入这个基因文件，ID对应不上系统的通过线下写的映射文件进行对应，然后在计算的时候，在后台根据基因文件去对应猪只，得出最后的育种值结果。
无芯片
前期配置
配置文件：由育种总监线下填写，目的是用户通过文件设置所关注的性状，从而生成群体内几个性状的参数值
近交系数计算完成
育种值（综合EBV）计算
公猪综合选择指数
选择猪只：计算需要满足所选的猪只出生日期在，模型配置中配置上的出生日期之内。
展示数设置
上传完成
芯片
系统根据设定展示选配系数较高的前几的公猪
基因组选配计算
近交系数计算
选种计算
亲缘关系
所选耳号为该猪只的父母，那么该结果还用于：做纯种选配做计算时，得出的后代近交系数
选种
完成计算
b style=\
2种方式：1、公猪站+种猪场2、标记效应计算等测定数据通用化，只需要芯片猪只进行计算即可（标记效应的边界需要确定）
工厂设定自己的留种率，系统根据设定留种率，自动将育种值高的建议留种
选择公猪
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