Disseration

20 poses for active ligands

Seven Feature Dataset:span style=\"font-size: inherit;\

GWOVina docking

For all native actives poses:Poses with 2.0Å < RMSD < 4.5Å excluded Poses with 25μm < IC50 < 250μm excludedPoses with RMSD>4.5Å labelled 0Poses with Kd/Ki  ≥ 25μm or IC50 ≥ 250 μm labelled 0Poses with RMSD<2.0 Å or Kd/Ki or IC50≤25μm labelled 1Max 3 poses labelled 0 and 5 poses labelled 1

Total:8161 complexs

Total:5102 complexsTrian： 4131 complexesValidation：460 comlplexesTest：511 complexs

1. Combined dataset and removed duplicates2. Removed the problematic and incompatible complexes

For all decoy selected poses：1.BINANA 1.3(531 features);ECIFs(1540 features);Kier flexibility(1 feature)2.Features with 0 variance removed3.Feature pairwise correlation filtering  4.RFECV using random forest（nRot and Kier flexbility not run included in RFECV - added back in afterwards）

1. PDBbind(Refined Set) 2. Binding MOAD(Non-redundant Set) 3. Iridium (Highly Trustworthy Set)

For all decoy:font color=\"#323232\

5 poses for decoy ligand

                                         1. Complex Filtering

                                            2. Decoy generation

                                                             6. XGBoost Model Traing

RMSD of native crystal ligand poses calculated

                                                                                                     3. Docking

                                                                                                                                             4. Labeling

1.No gird filter:       5102 complexes     &51020 decoys2. 1000 grid filter:      5083 complexes   & 43797 decoy3. 300 grid filter:       5033 complexes     & 26167 decoys4.TocoDecoy and DeepCoy:5102 complexes & 101327 decoys

Label according to self-defined standard data

                                                                                                                                        5. Feature Computation

      66688 labeled as  0 ：  50373 decoy poses      & 16315 active poses 8592 labeled as 1:8592 active posesTotal: 75280 poses

Data Split according to font color=\"#212121\